En el ámbito doméstico ha sido campeón de Liga una temporada y subcampeón cuatro veces, ha ganado cinco Copas del Rey y una Supercopa de España. La 2006/07 fue posiblemente la temporada más exitosa de su historia, comenzada logrando la Supercopa de Europa al vencer por 3-0 al Fútbol Club Barcelona en el Estadio Luis II de Mónaco. El Motagua, nuevamente bajo la dirección técnica de Ramón Maradiaga, debutó en el Torneo Clausura 2011 el día 16 de enero, en el Estadio Nacional de Tegucigalpa, ajax amsterdam en el empate 1-1 contra el Club Deportivo Necaxa.