Este hecho y la situación de crisis tanto deportiva como económica del primer equipo, hizo que el acuerdo de filialidad ya no se renovase más. El domingo 18 de diciembre de 2016, se jugó el partido correspondiente a la jornada 19 de liga contra el CD Boiro, encuentro que concluyó con el resultado de 0-2 para el cuadro gallego y que supuso el último partido de Juan Carlos Barriocanal como presidente del Burgos Club de Fútbol.