De igual forma, sostiene rivalidades significativas con Marathón, club con el que disputa el Clásico de las M’s, camiseta italia 2022 y Real España. Mientras que los entrenamientos del primer equipo se llevan a cabo en el Complejo Deportivo Pedro Atala Simón, propiedad del club. El Motagua nació para ser uno de los grandes protagonistas del fútbol hondureño. La dedicación de sus directivos, el apoyo incondicional de sus aficionados, de jugadores y cuerpos técnicos a través de su larga historia, han hecho del «Ciclón Azul» una de las instituciones deportivas más respetadas del fútbol hondureño.